Error Correction in Reads

#import time
#import random

def cnt_mutation(s, t):
    l = min(len(s), len(t))
    result = abs(len(s) - len(t))
    for i in range(0, l):
        if s[i] <> t[i]:
            result += 1
    return result

def rev_compl(s):
    dec = {'C': 'G', 'G': 'C', 'A': 'T', 'T': 'A' }
    result = ''
    for c in s:
        result = dec[c] + result
    return result

def corr_reads(list):
    #Формирование списка правильных
    #Добавляем обратные дополнения
    w = []
    r = []
    d = {}
    # Формирование словаря содержащего количество повторов (себя + реверс)            
    for s in list:
        if d.has_key(s) or d.has_key(rev_compl(s)):
            d[s] = 2
        else:
            d[s] = 1
            
    #print d 
    #print rev_compl('TTGAT')
    
    #for s in d:
    #    print rev_compl(s)
    
    # Проверка всех встречающихся один раз на одну ошибку
    for s in d:
        if d[s] == 1:
            # Поиск элементов на расстоянии 1
            v_fnd = 0
            sr = ''
            for si in d:
                if si <> s:
                    if d[si] == 2:
                        if cnt_mutation(s, si) == 1:
                            v_fnd += 1
                            sr = si
                        elif cnt_mutation(rev_compl(s), si) == 1:
                            v_fnd += 1
                            sr = rev_compl(si)
                if v_fnd == 1:
                    break
            if v_fnd == 1:
                r.append(s+'->'+sr)
    return r

def random_str(l):
    result = ''	
    for i in range(0, l):
    	r = random.randint(0,3)
    	if r == 0:
    	    c = 'A'
    	elif r == 1:
    	    c = 'C'   
    	elif r == 2:
    	    c = 'G'   
    	elif r == 3:
    	    c = 'T'   
        result = result + c
    return result
    		
def test1_init(n, sl):
    d = {}	
    for i in range(0, n):    	
        d[random_str(sl)] = random.randint(0,400)
    return d

def test1(d, n, l):
    e = 0
    for i in range(0, n):
        s = random_str(l)
        if d.has_key(s):
   	    e = d[s]
    return 0	    
        
print 'start'

Python Fiddle

Python Cloud IDE